En la mayoría de los países desarrollados y probablemente en muchos en vías de desarrollo, los gérmenes del grupo staphylococci (Staphylococcus aureus "SA", Staphylococcus epidermidis "SE" y otros Staphylococcus Coagulasa Negativos "OSCoN")son los agentes etiológicos que se presentan con mayor prevalencia en las Infecciones Intrahospitalarias ó Nosocomiales (IN). Estadísticas recientes a nivel mundial, señalan que entre el 5 al 10% de los pacientes que se hospitalizan adquieren una IN, para México se estima actualmente que el 15% de los pacientes contraen una IN. Por lo tanto, ante esta problemática resulta indispensable la identificación rápida y precisa en el laboratorio clínico de las siguientes cepas de: SA resistentes a meticilina (SARM), SE resistentes a meticilina (SERM) y las de OSCoNRM resistentes a meticilina, punto primordial para implementar la quimioterapia adecuada y las medidas de control sanitario pertinentes. La implementación de métodos de Tipificación Molecular (PCR, Pirosecuenciación, Campos Pulsados) en la Clínica Hospitalaria permitiría hacer las sugerencias pertinentes a los comités y subcomités de vigilancia de las IN, para el uso adecuado de los antimicrobianos correspondientes, que apoyen a mantener las medidas higiénicas correctas (p.ej. lavado correcto de manos), de control ambiental (p.ej. uso adecuado de antimicrobianos) y de terapéutica anti-infecciosa en los hospitales. Estas acciones podrán contribuír proporcionando la información actualizada de la epidemiología molecular de los hospitales nacionales y compartiendo la misma a las redes internacionales de esta clase. Por otra parte, se propondría esta intervención de Diagnóstico Molecular en los hospitales y dentro de estos en los servicios médicos que presentan las tasas mas altas de incidencia por cepas de staphylococci. El impacto que tendría el uso de esta tecnología moderna es un diagnóstico mas rápido, preciso y confiable de las IN en los hospitales, redundaría en una terapia más específica con el uso de antimicrobianos adecuados, de hecho reduciría la emergencia de patógenos, tanto resistentes como multirresistentes y de su diseminación. Además, el paciente reduciría enormemente su estancia de internamiento y como consecuencia disminuiría inmensamente el costo de su hospitalización. Esta nueva tecnología requiere de aparatos más sofisticados y de personal entrenado, sin embargo ofrece una relativa rapidez y sobre todo una mayor precisión para confirmar la presencia de staphylococci resistentes a los agentes beta-lactámicos y multi-resistentes a otros agentes (macrólidos, quinolonas, aminoglucósidos, etc.) disponibles para la quimioterapéutica de las IN. Esta metodología es una herramienta molecular única, muy útil y precisa, ante la sospecha de detectar estas cepas de staphylococci resistentes a los antimicrobianos (SARM, SERM y de OSCoNRM) ó cuando otras pruebas fenotípicas rutinarias proporcionen resultados poco confiables.

Las cepas de Staphylococci más frecuentemente asociadas con IN en pacientes adultos son los SARM, a diferencia de las involucradas con IN de los pacientes pediátricos (menores de edad), que son los SERM y OSCoNRM. Estas diferencias entre especies de staphylococci se determina rutinariamente en el laboratorio mediante las pruebas fenotípicas convencionales que muestran con frecuencia fallas de sensibilidad y especificidad en los ensayos y en ocasiones se requiere de una confirmación empleando métodos genotípicos de detección molecular hacia genes específicos de cepas de staphylococci (p.ej. SARM), como es la aplicación de la Reacción en Cadena de la Polimerasa o PCR en sus diferentes modalidades. De esta forma es posible también caracterizar mediante secuenciación de DNA (pirosecuenciación) a los determinantes genómicos de resistencia a los antimicrobianos en cepas clínicas de staphylococci (SARM, SERM y OSCoNRM) causantes de IN. También, identificar a los diversos tipos y subtipos del complejo de resistencia “SCCmec” (I-VIa, b, c, d) encontrados en las cepas hospitalarias de SARM mediante el PCR-múltiplex. La clonalidad o linaje de las cepas clínicas de staphylococci se determinará empleando el método de electroforesis de campos pulsados "ECP". Es bien conocido que todos los pacientes hospitalizados reciben algún esquema de agentes antimicrobianos, que en costos puede representar hasta la mitad del total de medicamentos usados durante su internamiento. En los servicios quirúrgicos de los hospitales, también se prescriben antimicrobianos con fines profilácticos hasta en un 40% de los pacientes. A pesar de que en todos los hospitales se emplean diversos esquemas de antimicrobianos, el mayor número de éstos se ubica en las Unidades de Cuidados Intensivos (UCI). Se estima que el 55% de las prescripciones antimicrobianas no están justificadas, porque el agente infeccioso involucrado no es de tipo bacteriano. Ello genera la resistencia antimicrobiana de microorganismos y particularmente es un problema grave en todas las unidades de hospitalización, otros factores que coinciden son: diversas fallas en las medidas higiénicas del personal y de control ambiental hospitalario, condiciones que propician la diseminación de estos microorganismos resistentes. La implementación de estos diversos métodos de tipificación molecular, nos permitiría en primera instancia identificar, rapidamente y con precisión, a las cepas de staphylococci (SARM, SERM y de OSCoNRM) involucradas en IN de la entidad hospitalaria y específicamente de los servicios de UCI. La contribución principal de este proyecto se fundamenta en el hecho de tipificar de manera genéticamente correcta a las cionas de SARM, SERM y OSCoNRM de un hospital obstétrico de concentración que infectan a pacientes neonatos mexicanos. En otras palabras, con diversas técnicas modernas de Biología Molecular se realizará investigación biomédica básica de calidad y competitiva que tendrá repercusiones importantes en la medicina, específicamente impactará los factores de riesgo de adquisición de enfermedades intrahospitalarias, en la medidas de control que adoptarán los Comités de Vigilancia Epidemiológica de Enfermedades Nosocomiales y en las medidas terapéuticas que se implementarán al conocer los patrones, primero locales y posteriormente nacionales, de resistencia y multirresistencia a los antimicrobianos de uso común en la clínica.