Hace aproximadamente 3 años iniciamos la caracterización genética y fenotípica de una población de 100 cepas de Pseudomonas aeruginosa aisladas de secreción bronquial de 85 pacientes que presentaron neumonía asociada a la presencia de ventilador automático en una Unidad de Cuidados Intensivos de un Hospital de tercer nivel. Cada cepa fue caracterizada de acuerdo a su perfil de susceptibilidad antimicrobiana, al perfil de restricción de su cromosoma, a la presencia de genes de virulencia y el contenido de islas genómicas en su cromosoma. Los resultados mostraron que en 99 cepas se detectó al menos una isla genómica, el 34% de las cepas presento 7 islas genómicas (hecho anteriormente no documentado) y se demostró que 4 de estas islas (PAGI-3, PAPI-1, PAPI-2 y pKLC102) ocuparon el sitio de inserción documentado con anterioridad por los autores que las describieron. Sin embargo hubo tres islas que se encuentran insertadas en sitios diferentes en el cromosoma de nuestras cepas, los cuales no han sido identificados ni reportados hasta la fecha.La originalidad del presente trabajo consiste en: 1.- Determinar y caracterizar el sitio de inserción de tres islas genómicas (PAGI-1, PAGI-2 y PAGI-4), las cuales se encuentran insertadas en sitios diferentes y aún no caracterizados en el cromosoma de Pseudomonas aeruginosa, muy probablemente estos sitios estén presentes en otras regiones hipervariables del cromosoma de P. aeruginosa, diferentes a las tres regiones descritas cerca de los loci lipA, oprl-phnAB y pilA. La presencia de otras regiones hipervariables en el cromosoma de P. aeruginosa favorecerá una mayor plasticidad del cromosoma de la bacteria, donde el intercambio de material genético propiciara la adquisición de genes que favorezcan una mejor adaptación de la bacteria al medio donde se encuentra (medio hospitalario, pulmonar o ambiental), aumente su resistencia a un numero mayor de antimicrobianos y favorezca la virulencia con genes que codifiquen para enzimas degradativas, toxinas, factores de colonización y antígenos que evadan la respuesta inmune. 2.- Caracterizar fenotípica y genéticamente cepas de P. aeruginosa procedentes de otros orígenes como animales de diferente especie que estén asociadas a infecciones de diferentes órganos o sistemas y cepas ambientales. En nuestro país y a nivel mundial se realizará por primera vez una caracterización completa de una población de P. aeruginosa diferente a la procedente de humanos, con la finalidad de comparar el contenido genético de ambas poblaciones y determinar si las características genéticas y fenotípicas de P. aeruginosa son especificas de huésped o de la región geográfica de donde se aíslen. Además de establecer por su contenido genético si las cepas procedentes de cualquier origen tienen el potencial de causar infección en diferentes especies

Los antecedentes citados anteriormente y los resultados hasta ahora obtenidos por nuestro grupo de investigación muestran que las cepas de Pseudomonas aeruginosa circulando en el ambiente hospitalario presentan mayor diversidad genética y cromosómica a la descrita actualmente. Que son cepas diferentes a las cepas descritas en otras partes del mundo y muy probablemente el contenido de genes esta influenciado por el medio ambiente donde persisten. Por lo que se juzga necesario estudiar otro tipo de cepas procedentes de ambientes o huéspedes diferentes como animales o medio ambiente y determinar: a) si presentan todos los factores de virulencia con anterioridad estudiados; b) si en este tipo de cepas se encuentran presentes islas genómicas; c) cual es su perfil de sensibilidad y resistencia a los diferentes antimicrobianos de uso en humanos. Todo esto con el fin de establecer si las características genéticas y fenotípicas de P. aeruginosa son especificas de huésped o de la región geográfica de donde se aíslen. O bien, si las cepas aisladas de diferentes huéspedes comparte información genética que les de el potencial de causar infección en un amplio rango de huéspedes sin importar la especie. Además se tendrá que determinar y caracterizar el locus de inserción de cada una de las islas genómicas PAGI-1, PAGI-2 y PAGI-4 en el cromosomas de las cepas con siete islas detectadas y en cepas que presentaron un numero menor de islas, pero con la detección de PAGI-1 y/o PAGI-2 y/o PAGI-4 en su cromosoma, con la finalidad de determinar si en estas cepas el sitio de inserción para alguna islas (PAGI-1, PAGI-2 y PAGI-4) también cambia, o se encuentran ellas insertadas en los sitios descritos por los autores al no existir competencia entre ellas o con otro tipo de isla por el sitio de inserción en el cromosoma de las cepas. La continuidad de esta línea de investigación, con el desarrollo del presente proyecto aportara datos relevantes aplicables en el campo del conocimiento básico (sobre el genoma y su plasticidad) de Pseudomonas aeruginosa, en el campo médico y el epidemiológico. Entre mas plástico sea el genoma, mayor capacidad tendrá en participar en la transferencia horizontal de genes y de incorporar en su genoma islas de patogenicidad, haciendo que una especie potencialmente patógena se vuelva un patógeno real capaz de causar enfermedad hasta en el huésped inmunocompetente y producir enfermedad en un rango amplio de huéspedes.