El objeto de esta propuesta de donativo es el de apoyar un área relativamente nueva en nuestro grupo, en donde hemos aplicado nuestros conocimientos de biología molecular para conocer mejor la estructura genética de la población de Salmonella enterica serovar Typhimurium que afecta a la población mexicana. Typhimurium es uno de los agentes causales de gastroenteritis en humanos, de mayor prevalencia. Nuestros primeros estudios han mostrado que hay un genotipo de Typhimurium característico de nuestro país, el ST213, así como un genotipo global, el ST19. De manera por demás interesante, el ST213 carece del plásmido de virulencia (pSTV) y sin embargo ha sido exitoso para colonizar y propagarse. En cambio contiene un plásmido IncA/C, que le confiere resistencia a un antibiótico de cuarta generación, la ceftriaxona (CRO), codificada por el gen cmy-2 (Wiesner et al., 2009, Wiesner et al., 2011). Es así que queremos conocer la secuencia genómica de un grupo seleccionado de cepas ST213 y ST19, aisladas en México, así como de los plásmidos pSTV y pA/C+CMY.Es de nuestro interés conocer si las cepas que carecen del pSTV contienen genes cromosomales o plasmídicos que puedan compensar los genes de virulencia de este plásmido, pues a la fecha no hemos encontrado genes cromosomales parálogos por PCR. La secuencia de estos genomas nos ayudará también a entender qué factores genéticos están involucrados en la divergencia entre el ST213 y el ST19. El ST213 es un derivado del ST19 que lo está remplazando en la población mexicana (Wiesner et al., 2009) aunque no sabemos qué factores, además de los plásmidos de resistencia, podrían explicar su éxito ecológico. Llama la atención que Typhi, el agente causal de la fiebre tifoidea en humanos, tiene muchos más pseudogenes que Typhimurium, lo cual se postula es el resultado de la pérdida de genes funcionales en su evolución de especialización hacia el humano. De esta manera, en este proyecto haremos una caracterización de las SPIs, de los genes flagelares y fimbriales, programas metabólicos y, sobre todo, nos interesa saber si estas cepas de Typhimurium han evolucionado mediante la selección de pseudogenes que les permitan ser virulentas en los humanos, a pesar de no contar con el plásmido de virulencia. Esto incluye también la caracterización de SNPs ("single nucleotide polymorphisms") y rearreglos (inserciones, deleciones, inversiones, translocaciones, entre otros). Cabe mencionar que recientemente hemos ocupado un lugar prominente dentro de los especialistas en la sistemática molecular de Salmonella enterica, ya que E. Calva forma parte del S. enterica MLST Study Group que firma un manuscrito publicado en PLoS Pathogens, intitulado "Multilocus sequence typing as a replacement for serotyping in Salmonella enterica" (Achtman et al., 2012).

Conocer el repertorio genómico de cepas de Typhimurium características de México como son las ST213 y ST19, lo cual deberá mejorar nuestro entendimiento sobre las bases moleculares de su patogénesis, evolución y ecología.