La historia de la segunda universidad novohispana, la Real Universidad de San Carlos de Guatemala ha sido un tema poco estudiado por los especialistas de historia de la educación. Sin embargo, existen obras sobre otras universidades que permiten hacer un trabajo comparativo sobre el funcionamiento de este tipo de instituciones. La hipótesis general del proyecto es que las universidades reales fueron perdiendo autonomía a lo largo de la Época Moderna. Su papel como instituciones formadoras de la burocracia de la Corona Hispánica fue claro, pero también lo fue el poder político que éstas llegaron a tener en el siglo XVI, por ello las autoridades reales redujeron el gremio universitario a un conjunto de doctores que graduaban a otros. Este fue el caso de la universidad guatemalteca, fundada en 1676. Simultáneamente, se dio un mayor peso a otros grupos de las élites locales, como el del clero secular que, en el caso guatemalteco, recibió no sólo mayor número de cargos en la administración real, sino también la rectoría de la universidad, lo que llevó a la academia a fusionarse, en la práctica, con una institución educativa bajo pleno control sobre su funcionamiento por parte de la Corona : el Seminario Tridentino de la ciudad. En relación a la metodología, se desarrollará una historia de la universidad desde una perspectiva social y comparada. Se aprovecharán no sólo los métodos ya conocidos, sino también las nuevas tendencias que la historiografía ha propuesto en los últimos años. La base del trabajo es la documentación original en la que ha quedado registrada la historia de la universidas, se utilizarán acervos institucionales tanto de Guatemala, como de México y España.

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