Los virus de influenza aviar están distribuidos ampliamente en las aves acuáticas silvestres; mientras que las aves domésticas tienen principalmente los subtipos H5, H7 y H9. En México se encuentra el virus de influenza aviar H5N2 de baja patogenicidad desde 1994 en aves domésticas de granja y traspatio; mientras que en las aves silvestres los reportes sobre cualquier subtipo del virus es escaso._x000D_ La presencia del subtipo H5N2 de baja patogenicidad desde 1994 ha mantenido su linaje mexicano y se ha reportado su presencia en aves de granja en Japón, así como en un loro en Estados Unidos. Estudios recientes sobre la cinética y patogénesis de la cepa A/pollo/México/2007 (H5N2BP) en el pato doméstico; han mostrado que puede infectar, causar enfermedad subclínica y asilarse de laringe y cloaca. Durante estos estudios se ha observado un cambio de tropismo en la excreción viral entre el aparato respiratorio y digestivo durante al menos 21 días posteriores a la inoculación. Lo que muestra cierta adaptación y patogénesis del A/pollo/México/2007 (H5N2BP) al pato. Sin embargo, la falta de genotipificación del genoma completo de esta cepa y del reciente aislamiento del virus de influenza A/ambiente/México/2011 (H4N2BP) aislado a partir del ambiente acuático de patos silvestres migratorios, nos limita evaluar y comprender la adaptación y patogénesis de dos subtipos diferentes del virus en el pollo y pato. Es por ello que el presente proyecto propone caracterizar el genoma completo del virus de influenza aviar A/pollo/México/2007 (H5N2BP) y el A/ambiente/México/2011 (H4N2BP) a través de la secuenciación completa del genoma que servirá para futuros estudios de adaptación y patogénesis._x000D_

La caracterización completa del genoma de un virus de influenza aviar proveniente de pollo o pato permitirá conocer si estos virus han tenido recombinación y cual es el origen filogenético de cada uno de los segmentos del genoma del virus. También ayudará a verificar si las mutaciones de punto asociadas a la virulencia reconocidas por la comunidad científica están presentes. La secuencia de nucleótidos de los ocho segmentos contribuirá en ampliar la base de datos en el banco de genes (GenBank) sobre virus de influenza aviar aislados en México necesarios para entender el proceso de adaptación y patogénesis en especies domésticas y silvestres a través del tiempo.