La coccidioidomicosis o fiebre del Valle de San Joaquín es una enfermedad causada por hongos ascomicetos del género Coccidioides con dos especies descritas: Coccidioides immitis y Coccidioides posadasii. El establecimiento de estas dos especies se hizo con base en el gran polimorfismo del genoma del hongo, empleando microsatélites. La coccidioidomicosis es una enfermedad endémica en el suroeste de los Estados Unidos, norte de México, América Central y la zona árida precordillerana de América del Sur. La infección se produce por inhalación de artroconidios en los humanos y otros mamíferos. La enfermedad se inicia con un cuadro respiratorio agudo, en general benigna y cura espontáneamente, sin embargo, puede evolucionar hacia formas progresivas, que diseminan a los tejidos cutáneo, subcutáneo, visceral y óseo. En el diagnóstico de la coccidioidomicosis a la fecha hay numerosas pruebas de laboratorio para la identificación del patógeno, sin embargo, hasta el momento no existe una herramienta molecular estandarizada y consensuada que permita la identificación de las dos especies, puesto que las pruebas fenotípicas no permiten discriminar entre ambas especies aunque pequeñas diferencias en el crecimiento de las colonias se han observado sobre medios conteniendo sal. Tampoco se han observado diferencias en las formas clínicas de la enfermedad y entre los nichos ambientales de las dos especies, sin embargo, dado que las mismas se separan genética y geográficamente, es probable que difieran fenotípicamente. Con el advenimiento de la biología molecular, se han reportado varias sondas moleculares de Coccidioides, pero éstas tienen ciertos inconvenientes, ya sea intrínsecos (sensibilidad, especificidad, variabilidad genética) o extrínsecos (costo, tecnología utilizada, etc.), por lo que es indispensable disponer de marcadores moleculares evaluados y estandarizados que nos permitan la detección del patógeno, ya que en los países latinoamericanos como México y Argentina se carece de este tipo de herramientas para detectar o confirmar la identificación del hongo. Por lo que en este trabajo de plantea obtener marcadores moleculares específicos y sensibles como los tipo SCAR (Región Amplificada de una Secuencia Caracterizada) que permitan el desarrollo de ensayos rápidos y certeros para el diagnóstico e identificación de las especies de Coccidioides. Estos marcadores se elegirán de los patrones polimórficos generados por la técnica de AFLP (Polimorfismo en la Longitud de Fragmentos Amplificados) de aislados de México y Argentina con el propósito de seleccionar marcadores específicos de C. immitis y C. posadasii útiles para identificar aislados clínicos y de la naturaleza, una con la particularidad de revelar aislados autóctonos de cada país y la otra para identificar aislados del hongo de distintas procedencias. Para la obtención de los marcadores SCAR primero se elegirán sólo bandas compartidas por aislados de cada especie y país, a partir de los patrones polimórficos generados por AFLP, posteriormente éstas se clonarán y secuenciarán por los métodos moleculares tradicionales. Las secuencias se compararan con las secuencias de hongos depositadas en el GenBank, con el objetivo de descartar cualquier homología con otros hongos patógenos o no, para el humano. Con base en este análisis comparativo, se acotarán las secuencias iniciales de los fragmentos clonados eliminando las secuencias compartidas y se diseñarán dos pares de oligonucleótidos específicos para cada especie y país. Finalmente, se llevará a cabo la PCR con los oligonucleótidos diseñados y con aislados del hongo de las dos especies de distintas procedencias geográficas, así como hongos relacionados, para verificar su especificidad y sensibilidad.

La coccidioidomicosis, es una enfermedad endémica en el Valle de San Joaquín, California y en la región central del desierto de Arizona, incluyendo las ciudades de Tucson y Phoenix donde se informan el mayor número de casos. Durante las dos últimas décadas se han incrementado notablemente brotes epidémicos y números de casos clínicos, relacionándolos con factores ambientales. Se estima que sólo en Estados Unidos existen 100,000 casos anuales de primoinfección por Coccidioides spp. (Galgiani, 1999). En el resto del Continente Americano la situación de la coccidioidomicosis está prácticamente inexplorada. En México, el área endémica se ubica en la parte baja del desierto de Sonora, que incluye el norte de nuestro país (Baja California, Sonora, Coahuila, Nuevo León y Tamaulipas) (Baptista-Rosas & Riquelme, 2007). Sin embargo, debido a que desde 1994, dejó de ser una enfermedad de reporte epidemiológico obligatorio y no existen estudios recientes que determinen su prevalencia e incidencia, la situación de la enfermedad en las áreas endémicas es poco conocida. Baja California presenta alta prevalencia entre la población pediátrica, estudios realizados en Tijuana, muestran un 10% de reactores a la coccidioidina (Laniado-Laborín et al., 1991). La enfermedad comparte características epidemiológicas, clínicas e histopatológicas con otros padecimientos, lo que dificulta notablemente el tratamiento en caso de no contar con los medios diagnósticos microbiológicos adecuados. En Argentina, los casos reportados de coccidioidomicosis son esporádicos, a pesar de la extensa área endémica que se corresponde la zona árida precordillerana desde la provincia de Jujuy hasta la provincia de Neuquén. Entre los años 1997 y 2005 sólo se registraron dos casos de coccidioidomicosis confirmados por cultivo y serología en el laboratorio Nacional de Referencia de Micología de Argentina (comunicación personal). En una encuesta nacional realizada en el año 2004 entre 72 laboratorios de la Red Nacional de Laboratorios de Micología, se informaron solo 5 casos de la enfermedad (Davel & Canteros, 2006). A partir de abril del año 2006, comenzó a llamar la atención el número de casos en perros domésticos documentados por veterinarios de la provincia de Catamarca. Actualmente, estos casos con confirmación clínica y de laboratorio suman un total de 10 (dos en 2006 y ocho en 2007), paralelamente se empezaron a observar casos en humanos, sobre todo pacientes inmunocomprometidos (datos no publicados). Existen numerosas pruebas de laboratorio para la identificación de Coccidioides; sin embargo, todas presentan limitaciones, especialmente en pacientes inmunocomprometidos, por lo que es indispensable disponer de marcadores moleculares evaluados y estandarizados que nos permitan la detección del patógeno, ya que en los países latinoamericanos como México y Argentina se carece de este tipo de herramientas para detectar o confirmar la identificación del hongo. A pesar de que se han reportado en la literatura varias sondas moleculares de Coccidioides, todas tienen ciertos inconvenientes, ya sea intrínsecos (sensibilidad, especificidad, variabilidad genética) o extrínsecos (costo, tecnología utilizada, etc.). Obtener marcadores moleculares específicos y sensibles como los marcadores tipo SCAR permitiría el desarrollo de ensayos rápidos y certeros para el diagnóstico e identificación de las especies de Coccidioides. IMPACTO CIENTÍFICO El uso de marcadores SCARs, desarrollados a partir de aislados autóctonos de México y Argentina, para diagnóstico de coccidioidomicosis, es un proyecto innovador, ya que permitiría el diagnóstico rápido y específico de la enfermedad con una metodología accesible y fácilmente transferible a los centros de diagnóstico de nuestros países. Esta tecnología nos colocaría a la vanguardia en el diagnóstico de enfermedades infecciosas. Por otro lado, este proyecto nos permitirá diversificar la orientación de investigación básica a áreas donde las necesidades y prioridades son urgentes, con un enfoque interdisciplinario e interinstitucional, para abrir las posibilidades de nuevas propuestas para investigación y desarrollo tecnológico en estas instituciones científicas. Además el desarrollo de marcadores para la identificación de estas dos especies será de gran importancia en el estudio epidemiológico de este hongo, ya que permitirá identificar zonas de ubicación para cada especie en los paises en estudio.