Existe un interés científico creciente por determinar las consecuencias genéticas de la fragmentación del hábitat en las poblaciones naturales (Young et al. 1996, Lowe et al. 2005, Ouborg et al. 2006, Honnay y Jacquemyn 2007), por sus implicaciones directas para la conservación de la biodiversidad. Hipotéticamente, la fragmentación del hábitat, a través de la pérdida de hábitat, la reducción de los tamaños poblacionales y el aumento en el aislamiento de las poblaciones remanentes inmersas en la matriz antropogénica (McGarigal y Cushman 2002, Fahrig 2003), reduce la diversidad genética de las poblaciones en fragmentos en comparación con aquellas que se encuentran en hábitats continuos y no perturbados. Tal reducción de la variabilidad genética se manifiesta como una reducción en el número de alelos por locus, un incremento en la endogamia y en un incremento en la diferenciación genética entre poblaciones, entre los efectos más conspicuos. Esta pérdida de variabilidad genética afecta la persistencia de las poblaciones y su capacidad de adaptación al cambio ambiental._x000D_ A pesar de que muchos estudios no han encontrado un efecto de la fragmentación en la estructura genética de las poblaciones de plantas esto obedece, entre otras razones, a que las especies analizadas son árboles de larga vida que antecedieron a la fragmentación y por tanto los efectos no son aparentes; por otra parte, debido a que poseen tamaños poblacionales pequeños y baja densidad poblacional, su extinción de los fragmentos pasa desapercibida y con ello se subestima el impacto de la fragmentación. Finalmente, los estudios han analizado sólo la estructura genética de los individuos adultos y han soslayado el análisis del sistema de apareamiento y el éxito reproductivo de las poblaciones en fragmentos, usualmente dependientes de vectores (i.e., dispersores de semillas y polen), los cuales también son afectados por la fragmentación. En general, se ha analizado el flujo génico indirecto y no el flujo génico contemporáneo el cual es relevante en determinar el impacto de la fragmentación en las poblaciones existentes en los fragmento y tampoco existe evidencia amplia sobre cómo se modifica el sistema de apareamiento. El presente proyecto analiza el impacto de la fragmentación en el sistema de apareamiento, flujo génico y éxito reproductivo de especies de plantas con diversas historias de vida empleando marcadores genéticos de alta resolución (i.e., loci microsatélites), en las selvas húmedas tropicales de México. Hipotetizamos que el efecto de la fragmentación será más pronunciado en las especies con sistema de apareamiento de entrecruzamiento (outcrossing) que aquellas con autogamia (selfing), al mismo tiempo que los tamaños efectivos poblacionales serán menores en los fragmentos incrementando la endogamia; también, se esperan número desiguales de machos y hembras (en el caso de la especie dioica) por azar. De esta forma, este estudio es pionero en analizar simultáneamente el flujo génico indirecto y contemporáneo, así como el éxito reproductivo de las especies mediado por animales. Analiza también el efecto de la endogamia en la adecuación de los individuos en los fragmentos y en la selva continua y su impacto sobre la adaptación local. La elección de las especies está basada en sus características ecológicas, sistema reproductivo (hermafrodita, monoica, dioica) y dispersión de polen y semillas, factores que se conoce contribuyen a la estructura genética de las especies. _x000D_

La fragmentación y pérdida del hábitat, el cambio climático, las invasiones biológicas y la sobreexplotación son procesos que han creado nuevos escenarios ambientales y presiones selectivas en las especies de plantas (Matesanz et al. 2010). La fragmentación aisla y reduce las poblaciones provocando cambios demográficos y genéticos (Smulders et al. 2009; Bruna et al. 2009) que comprometen su persistencia a largo plazo. En la actualidad la mayoría de las especies habita en fragmentos y por ello el entendimiento de los efectos ecológicos y evolutivos de la fragmentación tiene un valor estratégico para el mantenimiento de las comunidades y ecosistemas. El presente proyecto pretende demostrar que la fragmentación del hábitat afecta negativamente no sólo la diversidad y estructura genética, sino procesos poco analizados hasta ahora como el sistema de apareamiento, el éxito reproductivo, el incremento en la endogamia y que compromete la adaptación local de las poblaciones frente a sus enemigos naturales o al ambiente abiótico modificado. Para ello, el proyecto se fundamenta en un diseño que considera los problemas potenciales que hasta ahora han limitado la obtención de conclusiones no ambiguas. La mayoría de los estudios aborda el análisis de una sola especie y en una sola localidad, lo que limita fuertemente el alcance de resultados robustos y generalizables. En el diseño de la estrategia de investigación aquí propuesta se ha tomado en cuanta tanto la selección de las especies, el muestreo, y los marcadores moleculares hiper-variables, lo que permitirá obtener estimadores confiables. Finalmente, debe destacarse que las selvas húmedas tropicales, el ecosistema más diverso de México, alcanzan su distribución boreal en México, por lo que tienen una importancia biogeográfica y evolutiva notable. Este ecosistema ha sido destruido casi en su totalidad en México. Se estima que hoy persiste menos del 10% del área que originalmente ocupó y la mayoría son fragmentos. Por ello la presente investigación posee un valor social para la conservación de la biodiversidad y será de mucha utilidad para los tomadores de decisiones. No menos importante es su valor como investigación científica original y su contribución a la formación de científicos jóvenes.