Con la era de la secuenciación de genomas se tiene un amplio repertorio de genomas completos. Sin embargo, se requiere ahora extraer el conocimiento con sentido biológico a partir de los datos para la comprensión global de los procesos que se llevan a cabo en los organismos de interés._x000D_ El organismo del cual se tiene mayor información de su funcionamiento molecular es la bacteria no patógena Escherichia coli K-12. Nuestro grupo cuenta con la base de datos (BD) mas completa de regulación transcripcional de ésta bacteria, RegulonDB (Gama-Castro et al., 2008). A la fecha no existe una BD de la red de regulación transcripcional de alguna bacteria patógena._x000D_ Con el presente proyecto pretendemos comenzar a generar una BD similar a la de E. coli, pero de la bacteria patógena Salmonella enterica serovar Typhimurium. S. enterica es causante de enfermedades en humanos y animales, que van desde infecciones gastrointestinales localizadas que producen diarrea, hasta infecciones sistémicas severas, como la fiebre tifoidea (Pang et al., 1995). Tenemos como plataforma de partida la secuencia completa del genoma de S. Typhimurium (McClelland et al., 2001). Así mismo, contamos con un análisis bioinformático preliminar que reveló que más del 25% de los genes de S. Typhimurium no están en E. coli no patógena y que S. Typhimurium, por tanto, tiene operones que no están presentes en E. coli-K12. El propósito de este trabajo consiste en hacer el estudio bioinformático robusto que incluya la anotación biológica de la información contenida en la literatura, así como, las predicciones computacionales, validando experimentalmente los resultados (predicciones de elementos reguladores y sus interacciones). _x000D_ La infraestructura bioinformática que usaremos ha sido implementada en nuestro laboratorio, el cual cuenta con una amplia experiencia para organizar y curar toda la información de regulación genética, es la referencia internacional de la curación de la literatura de la regulación transcripcional dentro de la IECA (International E. coli Alliance). Mientras que la infraestructura experimental quedará a cargo del Dr. Víctor Bustamante cuyo grupo es experto en trabajo experimental sobre regulación genética en bacterias patógenas._x000D_ Con la creación de esta base de datos se quiere hacer una recopilación de la información de regulación genética para S. Thypimurim, que permita el libre acceso a la información por parte de la comunidad de investigadores, y mediante el uso de herramientas bioinformáticas se hará un análisis integral de la biología de esta bacteria patógena. El definir los regulones de los genes de Salmonella nos permitirá entender mejor los mecanismos de la expresión genética en ésta bacteria; o cómo las bacterias patógenas han evolucionado para expresar sus factores de virulencia, en respuesta a señales particulares del hospedero.

Generación de la primera BD de regulación transcripcional de una bacteria patógena: Salmonella enterica serovar Typhimurium. La cual permita el libre acceso a la información por parte de la comunidad de investigadores._x000D_ Con la colección de datos (experimentales y computacionales) reunidos generar la infraestructura para la elaboración de un modelo biológico general y uno para la representación de la red de regulación de los genes únicos de Salmonella.